ARTI GAMBAR DALAM LOGO :
BURUNG : ROH KUDUS
SALIB : SALIB YESUS – PENGORBANAN
BUKU : ILMU PENGETAHUAN
BUNGA LILY : KESUCIAN MARIA
BENDERA MERAH PUTIH : BENDERA NEGARA INDONESIA
WARNA DASAR BIRU LAUT : PENGHARAPAN
ARTI KESELURUHAN :
SMK Marsudirini Negar dalam perlindungan Bunda Maria yang suci dan tak bernoda dengan bimbangan Roh Kudus mengamalkan pengetahuan untuk mencerdaskan bangsa Indonesia dan menggalang persatuan untuk mengabdi satu sama lain dalam pengharapan kasih Yesus Kristus.