SMK Marsudirini Negara menyelenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler untuk memfasilitasi peserta didik agar mereka dapat mengembangkan kemampuan, minat, dan bakat yang dimilikinya, baik di bidang Olahraga, Kompetensi Keahlian, maupun Kesenian. Kegiatan ekstrakurikuler diselengarakan di luar kegiatan belajar mengajar, di mulai pukul 15.00 s.d. selesai. Kegiatan ektrakurikuler pramuka merupakan kegiatan yang bersifat wajib bagi seluruh peserta didik kelas X, sedangkan kegiatan yang lain merupakan ekrakurikuler pilihan.
Sebanyak 24 kegiatan ekstrakurikuler diselenggarakan, antara lain:
- Bola Basket
- Bola Voli
- Footsal
- Tata Rias dan Kecantikan
- Fruit Carving
- Making Bed Set up
- English Conversation